Coproculture : dans quels cas réaliser une analyse de selles ?

Votre médecin vous a prescrit une analyse de selles ou coproculture à réaliser. En quoi consiste cet examen et pourquoi vous a-t-il été prescrit ? Explications.

Qu'est-ce qu'une coproculture ou analyse de selles ?

La coproculture est un examen de biologie médicale courant qui consiste à analyser un échantillon de selles en laboratoire pour rechercher la présence de micro-organismes pathogènes. Ces micro-organismes peuvent être des bactéries, des virus ou des parasites.

Au laboratoire, les selles sont d'abord examinées à l'œil nu : consistance, couleur, présence de sang ou de mucus… puis au microscope. Elles sont ensuite déposées sur des milieux de culture spécifiques qui favorisent la croissance des bactéries éventuellement présentes. Si un germe pathogène est identifié, le laboratoire réalise un antibiogramme : un test qui détermine quels antibiotiques seront les plus efficaces contre cette bactérie. Cela permet au médecin d'adapter précisément le traitement par la suite.

Il existe plusieurs types d'analyses de selles, réalisées seules ou en association, en fonction de la situation du patient concerné : 

• La coproculture standard : recherche principalement des bactéries pathogènes.

• L'examen parasitologique des selles : distinct de la coproculture, il recherche des parasites intestinaux. Ces deux examens sont souvent prescrits ensemble.

• La recherche de virus : réalisée selon une technique de biologie moléculaire, en complément si nécessaire.

   

Quelles sont les pathologies ciblées par une analyse de selles ?

La coproculture permet d'identifier l'origine d'une infection digestive. Elle oriente le diagnostic vers une pathologie précise et permet de mettre en place le traitement adapté. Parmi les maladies qu'elle permet de diagnostiquer ou de confirmer, on trouve :

• La salmonellose : une infection bactérienne fréquente, souvent liée à la consommation d'aliments contaminés (œufs, volaille, produits laitiers crus).

• La shigellose ou dysenterie bacillaire : une infection intestinale sévère transmise par voie féco-orale, notamment responsable de diarrhées sanglantes.

• La campylobactériose : l'une des causes bactériennes les plus fréquentes de gastro-entérite en France, souvent contractée via la viande de volaille insuffisamment cuite.

• L'infection à Clostridium difficile : cette bactérie persistante s’installe le plus souvent après une antibiothérapie.

• La giardiose : une infection parasitaire de l'intestin grêle causée par Giardia lamblia, un parasite fréquent chez les voyageurs.

• L'amibiase : une infection parasitaire due à Entamoeba histolytica, pouvant provoquer des diarrhées sanglantes et des complications hépatiques.

• Les toxi-infections alimentaires collectives dont l'enquête bactériologique consiste notamment à effectuer une analyse de selles chez les personnes atteintes.

Dans quels cas réaliser une coproculture ? 

Cet examen n'est pas systématique pour toutes les diarrhées. Une grande partie des diarrhées aiguës sont d'origine virale et guérissent spontanément en quelques jours. Elle est prescrite par le médecin dans les situations suivantes :

• En cas de diarrhée aiguë sévère ou persistante, notamment si elle s'accompagne de fièvre, de sang ou de glaires dans les selles.

• Lors du retour de voyage dans un pays à risque sanitaire élevé : une recherche élargie de bactéries est alors effectuée.

• En cas de suspicion d'intoxication alimentaire ou de toxi-infection alimentaire collective (TIAC).

• En cas de diarrhée survenant après une antibiothérapie : on recherche alors un Clostridium difficile, la bactérie responsable de diarrhées nosocomiales liées à la prise d'antibiotiques.

• Si la personne est immunodéprimée : un suivi renforcé de la flore intestinale est mis en place, notamment chez les patients en onco-hématologie, par exemple.

• Dans un contexte professionnel particulier : le personnel de la restauration ou de l'agroalimentaire, selon les recommandations de leur médecin du travail.
  Les principaux agents pathogènes bactériens recherchés en coproculture standard sont Salmonella, Shigella et Campylobacter. Des recherches complémentaires peuvent être ajoutées sur prescription du médecin.

Pour la parasitologie des selles, les principaux parasites ciblés incluent Giardia lamblia, Entamoeba histolytica (responsable de l'amibiase), les oxyures, les ascaris ou encore les ténias, selon le contexte clinique et épidémiologique.

Comment réaliser une analyse de selles ?

Pour réaliser cet examen dans les meilleures conditions, quelques règles sont à respecter.

La préparation de la coproculture

Des précautions s'imposent avant le prélèvement pour garantir la fiabilité des résultats :

• Signalez à votre médecin tous vos traitements en cours. En effet, les antibiotiques et certains antidiarrhéiques peuvent fausser les résultats. Il est donc préférable de réaliser le prélèvement avant toute prise d'antibiotique ou à distance d'un traitement récent.

• Si une recherche parasitologique est associée, un régime sans résidu est conseillé pendant les 3 jours précédant le prélèvement. Il se compose de biscottes, riz, pâtes, œufs, laitages, poisson maigre. Évitez les légumes, fruits crus et céréales complètes, qui peuvent masquer ou perturber l'analyse.

• Évitez tout contact des selles avec l'urine ou l'eau des toilettes lors du recueil.

La collecte des selles

Le prélèvement peut être réalisé à domicile ou directement au laboratoire. Pour certaines recherches spécifiques (notamment les amibes et Clostridium difficile), le prélèvement doit être effectué au laboratoire, sur des selles fraîchement émises.

Le laboratoire vous fournit un flacon stérile muni d'une spatule intégrée. Vous devez recueillir l'équivalent d'une noix de selles. Si elles présentent des zones d'aspect inhabituel (glaireuses, sanglantes), prélevez en priorité à l’endroit concerné. Identifiez ensuite le flacon avec vos nom, prénom, date de naissance, sexe ainsi que la date et l'heure du prélèvement. Notez également le contexte sur l'ordonnance si ce n'est pas déjà fait : voyage récent, prise d'antibiotiques, immunodépression…

L'examen doit être réalisé si possible lors d’un épisode diarrhéique : c'est à ce moment que la concentration en agents pathogènes dans les selles est la plus élevée.

La conservation en vue de l'analyse

Les selles doivent être déposées au laboratoire dans les 2 heures qui suivent le recueil, idéalement à température ambiante. Ce délai court est impératif : au-delà, les bactéries de la flore intestinale prolifèrent et peuvent masquer les germes pathogènes recherchés.

En cas d'impossibilité de déposer le flacon à temps, conservez-le au réfrigérateur à 4 °C et apportez-le au laboratoire dans les 24 heures maximum. Pour les recherches parasitologiques, des milieux de conservation spécifiques peuvent être fournis par le laboratoire.

Coproculture : que se passe-t-il après votre analyse de selles ?

Une fois l'échantillon déposé au laboratoire, les résultats vous sont communiqués ainsi qu’au médecin prescripteur dans un délai variable selon les analyses réalisées.
Pour une coproculture bactérienne standard, les résultats sont généralement disponibles en 24 à 48 heures. Certains examens, comme la parasitologie des selles ou les analyses par PCR (pour rechercher un virus, pour rappel) peuvent nécessiter un délai légèrement plus long.
Un résultat négatif signifie qu'aucun germe pathogène n'a été détecté dans l'échantillon analysé. Cela n'exclut pas totalement une infection : certains virus ou parasites ne sont pas mis en évidence par la coproculture standard. Si les symptômes persistent, d'autres examens pourront être prescrits par votre médecin.
En cas de résultat positif, votre médecin vous prescrit un traitement adapté. Si une bactérie pathogène est identifiée, l'antibiogramme associé au résultat permet de choisir l'antibiotique le plus efficace. 
Dans tous les cas, votre médecin vous contactera pour vous expliquer les résultats, adapter le traitement si nécessaire et vous recommander des mesures d'hygiène pour éviter de contaminer votre entourage.